Terima kasih telah mengirimkan pertanyaan Anda! Salah satu anggota tim kami akan segera menghubungi Anda.
Terima kasih telah mengirimkan pemesanan Anda! Salah satu anggota tim kami akan segera menghubungi Anda.
Kerangka Materi
I. Pengenalan dan persiapan
1. Tinjauan umum
- Mempermudah penggunaan R, GUI yang tersedia
- Rstudio
- Perangkat lunak terkait dan dokumentasi
- R dan statistik
- Penggunaan R secara interaktif
- Sesion pengenalan
- Mendapatkan bantuan dengan fungsi dan fitur
- Perintah R, sensitifitas huruf besar-kecil, dll
- Memanggil kembali dan memperbaiki perintah sebelumnya
- Menjalankan perintah dari atau mengalihkan keluaran ke file
- Keabadian data dan menghapus objek
- Praktik pemrograman yang baik: skrip mandiri, mudah dibaca, misalnya skrip terstruktur, dokumentasi, markdown
- menginstal paket; CRAN dan Bioconductor
2. Membaca data
- Berkas .txt (read.delim)
- Berkas CSV
3. Manipulasi sederhana; bilangan dan vektor + matriks
- Vektor dan penugasan
- Aritmatika vektor
- Membuat urutan reguler
- Vektor logis
- Nilai yang hilang
- Vektor karakter
- Vektor indeks; memilih dan memodifikasi subset dari set data
- Matriks
- Indeks matriks. Sub bagian dari matriks
- Matriks indeks
- Fungsi array() + operasi sederhana pada matriks misalnya perkalian, transposisi
- Jenis objek lainnya
4. Daftar dan data frame
- Daftar
- Membangun dan memodifikasi daftar
- Menggabungkan daftar
- Data frame
- Membuat data frame
- Bekerja dengan data frame
- Menempelkan daftar apapun
- Mengelola jalur pencarian
5. Manipulasi data
- Memilih, memfilter pengamatan dan variabel
- Pengelompokan, pengelompokan
- Pengkodean ulang, transformasi
- Agregasi, menggabungkan set data
- Membentuk matriks yang terpisah, cbind() dan rbind()
- Fungsi penggabungan, (), dengan matriks
- Manipulasi karakter, paket stringr
- pendahuluan tentang grep dan regexpr
6. Membaca data lebih lanjut
- Berkas XLS, XLSX
- Paket readr dan readxl
- Data dalam format SPSS, SAS, Stata,… dan lainnya
- Mengekspor data ke format txt, csv dan lainnya
6. Pengelompokan, loop dan eksekusi kondisional
- Ekspresi terkelompok
- Pernyataan kontrol
- Eksekusi kondisional: pernyataan if
- Eksekusi berulang: loop for, repeat dan while
- pendahuluan tentang apply, lapply, sapply, tapply
7. Fungsi
- Membuat fungsi
- Argumen opsional dan nilai default
- Jumlah argumen variabel
- Lingkup dan konsekuensinya
8. Grafis sederhana di R
- Membuat Grafik
- Plot Densitas
- Plot Titik
- Plot Batang
- Grafik Garis
- Grafik Pie
- Boxplot
- Plot Scatter
- Menggabungkan Plot
II. Analisis statistik di R
1. Distribusi probabilitas
- R sebagai set tabel statistik
- Mengeksamin distribusi sebuah set data
2. Pengujian hipotesis
- Uji tentang rata-rata populasi
- Uji Likelihood Ratio
- Uji satu dan dua sampel
- Uji Chi-Square Kesepakatan
- Statistik Kolmogorov-Smirnov Satu Sampel
- Uji Wilcoxon Signed-Rank
- Uji Dua Sampel
- Uji Wilcoxon Rank Sum
- Uji Mann-Whitney
- Uji Kolmogorov-Smirnov
3. Pengujian hipotesis berkali-kali
- Kesalahan Jenis I dan FDR
- Kurve ROC dan AUC
- Prosedur pengujian berkali-kali (BH, Bonferroni dll.)
4. Model regresi linear
- Fungsi umum untuk mengekstrak informasi model
- Memperbarui model yang telah ditetapkan
- Model linear umum
- Keluarga
- Fungsi glm()
- Klasifikasi
- Regresi Logistic
- Analisis Diskriminan Linear
- Belajar tanpa pengawas
- Analisis Komponen Utama
- Metode clustering (k-means, clustering hierarkis, k-medoids)
5. Analisis kelangsungan hidup (paket survival)
- Objek kelangsungan hidup di R
- Perkiraan Kaplan-Meier, uji log-rank, regresi parametrik
- Bands kepercayaan
- Analisis data yang tercensur (interval tercensur)
- Model Cox PH, kovariat konstan
- Model Cox PH, kovariat bergantung waktu
- Simulasi: Perbandingan model (Membandingkan model regresi)
6. Analisis variansi
- ANOVA Satu Arah
- Klasifikasi Dua Arah ANOVA
- MANOVA
III. Masalah yang diselesaikan di bioinformasi
- Pendahuluan singkat tentang paket limma
- Alur kerja analisis data mikroarray
- Unduh data dari GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- Pengolahan data (QC, normalisasi, ekspresi diferensial)
- Plot Volcano
- Contoh clustering + peta panas
28 Jam
Testimoni (5)
how the trainor shows his knowledge in the subject he's teachign
john ernesto ii fernandez - Philippine AXA Life Insurance Corporation
Kursus - Data Vault: Building a Scalable Data Warehouse
Open discussion with trainer
Tomek Danowski - GE Medical Systems Polska Sp. Z O.O.
Kursus - Process Mining
Very useful in because it helps me understand what we can do with the data in our context. It will also help me
Nicolas NEMORIN - Adecco Groupe France
Kursus - KNIME Analytics Platform for BI
I genuinely enjoyed the hands passed exercises.
Yunfa Zhu - Environmental and Climate Change Canada
Kursus - Foundation R
The pace was just right and the relaxed atmosphere made candidates feel at ease to ask questions.
