Kursus Pelatihan Pelatihan Pendahuluan Genomika Mikroba dan Metagenomika

Pendahuluan Genomika dan Metagenomika Mikroba

• Tinjauan tentang genomika dan metagenomika mikroba
• Teknologi pengurutan dan rancangan studi tipikal
• Format file kunci dan organisasi data

Kontrol Kualitas dan Pra-Proses

• Penilaian dan pemotongan kualitas pembacaan
• Penghapusan tuan rumah dan pemeriksaan kontaminasi
• Normalisasi pembacaan dan pertimbangan turunannya

Pendekatan Profil Taksonomi

• Profiling berbasis marker dengan MetaPhlAn
• Metode k-mer dan klasifikasi dengan Kraken2 dan Bracken
• Membandingkan output profil dan visualisasi

Pengumpulan dan Pemotongan Metagenom (tinjauan)

• Strategi pengumpulan dan penggunaan SPAdes
• Konsep pemotongan kontig dan alat umum (singkat)
• Menilai kualitas dan keutuhan pengumpulan

Anotasi Genom dan MLST

• Menganotasi genom dengan Prokka
• Melakukan MLST dan menafsirkan jenis urutan
• Membuat laporan untuk berbagi hasil

Panggilan SNP dan Filogenetik

• Kerangka kerja panggilan SNP berbasis pemetaan dengan Snippy
• Membangun pohon filogeni dengan IQ-TREE
• Visualisasi dan interpretasi pohon dengan iTOL

Kekebalan Mikroba dan Profiling Fungsional

• Deteksi gen AMR dengan AMRFinderPlus, CARD, dan ResFinder
• Profiling fungsional dan ringkasan jalur
• Melaporkan kekebalan dan anotasi fungsional

Kerangka Kerja yang Dapat Diulang dan Best Practices

• Menggunakan Conda, Docker, dan template kerangka kerja untuk reproduksi
• Manajemen data, standar metadata, dan prinsip FAIR
• Mengukur analisis dengan sumber daya cloud dan notebook

Studi Kasus dan Laboratorium Praktis

• Analisis amplicon 16S/18S dari pembacaan mentah hingga tabel taksonomi
• Profiling metagenomik dan analisis banding sampel
• Pengumpulan genom, anotasi, filogeni SNP, dan laporan AMR

Ringkasan dan Langkah Selanjutnya